Alet Les Bains est une cité dont la fondation se perd dans la mémoire des temps. Des fouilles archéologiques ont révélées des habitats préhistoriques sur les causses environnant la vallée de l'Aude. Il a existé un opidum Celte ou Ibère sur la colline au nord-est de la ville actuelle (voir columbarium). Les romains eurent tôt fait d'occuper la région et exploitèrent pour leur compte les thermes gaulois.
Le christianisme faisant souche dans les Gaules, on voit l'érection vers le début du IV siècle d'une église paléochrétienne. Certain écrits laisseraient à penser que celle-ci fut érigée sur l'emplacement d'un temple romain dédié à la déesse Diane. L'existence d'un couvent est mentionnée en 526. La chute de l'Empire Romain laissant place à une cohorte d'envahisseurs barbares, au début du Vème siècle les Wisigoths se rendent maîtres du pays. Deux siècles plus tard ils sont délogées par les Francs.
Les siècles suivant voient le début des incursions Sarrasines dans le sud du pays. La reconquête Carolingienne laisse la région aux mains d'un lieutenant de Charlemagne, Bera Ier Comte de Barcelone et de Razès. Ce dernier serait à l'origine de la promotion du couvent en abbaye (charte datant de 813). En 817, a Aix-La-Chapelle, Louis Le Pieux réunit abbés et moines : la règle bénédictine sera adoptée par tous les monastères de l'Empire.
Le bourg naissant prospère dès lors à l'ombre de l'abbaye. Mais l'époque est incertaine et la prospérité du bourg attire la convoitise des puissants seigneurs et dangereux voisins qui se disputent tour à tour la domination sur le comté; en 1054 l'abbaye bénédictine est profanée par le vicomte de Béziers. Pour se protéger des ravages de ces vendettas incessantes, l'Abbé Pons Amiel fait entourer de murailles et de fossés le monastère et le bourg d'Alet (1167 - 1197).
A la suite de la croisade contre les Cathares le Pape Jean XXII décide de scinder l'évêché de Carcassonne en deux et créé le nouveau diocèse d'Alet en 1308. L'abbaye est dès lors érigée en cathédrale. Les Guerres de Religions voient le déclin de la prospérité de la ville. Au cours des combats la cathédrale est plusieurs fois dégradée, un boulet de canon fait effondrer une partie de son toit.
La Révolution Française confisquant les biens de l'Eglise, la cathédrale est vendue comme bien national à plusieurs bourgeois d'Alet. Le percement du chemin départemental 118 voit la destruction d'une importante partie de la cathédrale, les infrastructures en style gothique seront les plus touchées. Ce derniers fait entraînera ainsi sa ruine irrémédiable.
Vers la seconde moitié du siècle dernier les "villes d'eau" deviennent à la mode, Alet connaît alors un regain d'activité, mais les modes passent... De plus de 2000 habitants au début du siècle, il ne restera plus que 800 dans les années 50. Le grand exode rural de L'Ere Industrielle sera passé par là. L'hémorragie des populations rurales ne se ralentira pas jusqu'au début des années 70.